Só encontro uma justificação lógica.

Para a vaga de QZP não ser recuperada porque a mesma se extingue no caso do docente que vinculou no Concurso Extraordinário de 2013 entrar em QA/QE ou QZP.

Não tem utilidade para absolutamente mais nada.

Podia ter sido evitado isso na aplicação?

Podia, mas em termos informáticos será mais fácil que a não recuperação de vaga esteja declarada de uma maneira ou de outra na fase de candidatura.
Assim o processo será automático.