… quando existe este controle por parte da administração central?

Não conheço as razões da reclamação da docente, mas as regras para o envio para ausência da componente letiva já não assentam na continuidade pedagógica mas sim no cumprimento da lista graduada. Assim, não estaria em causa a ausência da componente letiva da docente no caso de encerramento do jardim no próximo ano letivo.